En el año 1989, un grupo de hermanas pertenecientes a la I.B.B. El Bosque (Patricia Villaisán, Silvia Chávarry, Marlene Borda y otras más), unas de ellas estudiantes de educación, deseosas de servir a Dios y a la comunidad desde su futura profesión como educadoras, propusieron al pastor de ese entonces señor Luis Guillermo Yuen Quiñones, la creación de un colegio particular, que no sólo brindara servicios educativos, sino que través de éste se pudiera alcanzar el mensaje de salvación, el conocimiento de Dios a través de la Biblia a más personas.
Con el visto bueno del pastor Yuen, estas hermanas gestionaron en este mismo año (1989) y lograron ante la U.S.E. 02 la autorización para el funcionamiento del nivel de Inicial de 3, 4 y 5 años, reconociendo como promotora a la I.B.B El Bosque, con la representación legal del señor Luis G. Yuen Quiñones. Al no contar, dentro de la congregación de ese entonces, con un profesional con título pedagógico para el cargo de directora, solicitaron la ayuda de la señora Elisa Isabel Quiñones Dávila, prima de la pastor, quién desinteresadamente accedió a facilitarle su título pudiendo así completar los requisitos para la autorización del funcionamiento.
A partir de Setiembre del año 1990 es nombrada y reconocida como directora la profesora Esther Terrones Cabrera, quien permaneció en el cargo hasta el año 1995. Para el año 1996, en diciembre de 1995 el pastor y promotor del CEGNE Bautista convoca a la señora profesora Edith G. Quiñones Dávila, hermana y miembro activo de nuestra iglesia hasta la fecha, y le solicita su apoyo para la dirección de la escuela. Luego heredaron la posta en la dirección la señora Teresa de Jesús Arévalo Carrión quién supo conservar la mística de nuestra institución en el período 2015 y 2016, sucediéndola para el 2017, en la dirección, la señora Emma Carhuachín Guardia de quién se espera logre mantener la calidad formativa y de valores de nuestro colegio y logre mantener el posicionamiento de nuestra institución dentro de nuestra comunidad.
El Colegio Bautista es promovido por la Asociación Cultural Educacional Cristiana Bautista El Bosque desde 1999. La A.C.E.C. Bautista El Bosque está conformada por miembros de la Iglesia Bíblica Bautista El Bosque, de comprobado testimonio en esta; cuya asamblea es el órgano máximo encargado de legislar y aprobar las normas y disposiciones para el mejor cumplimiento de los fines de la Asociación en todo lo que establece la ley. Es responsabilidad de la Promotora del Colegio la orientación axiológica académica de la I.E.P Bautista, así como aprobar la política técnico – pedagógica; administrativo – financiera de la Institución Educativa acorde con su Reglamento y estricta aplicación de los Principios Axiológicos, velar para que la institución mantenga su fin no lucrativo y a la vez mantener la calidad en el servicio educativo que ofrece, así como una eficaz y eficiente gestión educativa. Los actuales miembros de la ACEC Bautista también son miembros fieles y activos dentro de la iglesia Bautista, están comprometidos con la educación y formación integral de las actuales y futuras generaciones.
